Il est directeur de recherches au CNRS et professeur invité de l'Université de Niigata (Japon).
Il dirige le laboratoire AUS (Architectures, Urbanismes, Société), composante de l'UMR LAVUE (Laboratoire, Architecture, Ville, Urbanisme, Environnement, UMR 7218), de l'Université de Paris VIII, de l'Université Paris Ouest Nanterre La Défense, et de l'ENSAPVS (École nationale supérieure d'architecture de Paris-Val de Seine).
Il a fondé en 2006-2007 et dirige le Réseau Thématique international JAPARCHI du Ministère de la Culture et de la communication (Bureau de la Recherche architecturale, urbaine et paysagère).
Il travaille (comparaisons France / Japon) sur l'architecture des limites, des dispositifs et rituels des seuils, sur l'évolution de l'habitation et de l'architecture, sur l'inscription du temps dans l'architecture populaire, sur l'esthétique ordinaire de la ville, sur l'usage de l'image dans l'observation et l'analyse des espaces habité, sur la topologie du quotidien.
Aperçu intérieur du livre « Katsura et ses jardins » de Philippe Bonnin (coll. La rencontre).
Le livre comprend 76 photographies et illustrations couleur.
En librairie le 10 octobre 2019.
Pensées d'une nuit calme
la lumière de la lune baigne mon chevet
comme si elle en couvrait le sol de givre
la tête aux étoiles je contemple le disque lumineux
mais baissant les yeux je songe où je suis né
En retour
entre les branches
derrière la neige des cerisiers
lignes strictes et toitures sombres
façade toute de blanc vêtue
le palais, la villa, les cabinets